بنا به گواهی متون تاریخی و روایی، یکی از ویژگی های بارز امام حسن عسکری (ع) مبارزه با باورها و عقاید الحادی بوده است.
در زمان امام حسن عسکری (ع) فیلسوفی در عراق میزیست به نام «اسحاق کِندی». وی به خیال این که در قرآن تناقض وجود دارد، در خانه نشست و مشغول تدوین و تألیف کتابی در تناقض قرآن شد. ابن شهرآشوب مینویسد: روزی یکی از شاگردان اسحاق کِندی به محضر امام حسن عسکری (ع) وارد شد. امام به وی فرمود: آیا در بین شما فرد توانایی پیدا نمیشود که استادتان کِندی را در آنچه که آغاز کرده، رد کند و او را از این کار باز دارد؟! او گفت: ما همه از شاگردان او هستیم و چگونه میتوانیم در این خصوص یا در دیگر مسائل بر استاد خود اعتراض کنیم؟! حضرت فرمود: آیا آنچه را که به تو بیاموزم، به او میرسانی؟ عرض کرد: آری.
پس امام فرمود: به نزد او برو و نخست با وی معاشرت نیکی داشته باش و به هر چه نیاز دارد، کمکش کن. هنگامی که با او انس گرفتی، به او بگو: سؤالی به ذهنم رسیده است که دوست دارم آن را از تو بپرسم. او خواهد گفت: سؤال کن. پس به او بگو: اگر گوینده (آورنده) این قرآن نزد تو بیاید و از تو بپرسد: آیا احتمال وجود دارد که مقصود خداوند از این گفتار، غیر از آن باشد که شما پنداشته ای و در پی آن هستی؟ او به تو خواهد گفت: آری، این احتمال وجود دارد. زیرا انسان هنگام شنیدن، بهتر متوجه معانی میشود و آنها را درک میکند. چون چنین گفت، به او بگو: شما چه میدانی شاید منظور گوینده کلمات قرآن غیر از چیزی باشد که شما تصور کردهای و او الفاظ قرآن را در غیر معانی خود استعمال کرده باشد.
پس آن مرد از حضور امام حسن عسکری (ع) مرخص شده و به سوی استاد خود، فیلسوف عراقی، رهسپار گردید و مدتی به دستور آن حضرت با او به نیکی رفتار کرد و سرانجام در فرصت مناسب، سؤال پیشنهادی امام را از او پرسید. کِندی گفت: یک مرتبه دیگر این سخن را برایم بیان کن. وی بار دیگر سخن امام را بیان نمود. کِندی درنگی کرده و مقداری فکر کرد و دریافت که هم از نظر لغت و هم از نظر علمی این امر کاملاً محتمل است و در نظرش این سخن کاملاً صحیح آمد. از این روی به شاگردش گفت: تو را سوگند میدهم که بگویی این سخن را از کجا آموختی و چه کسی آن را به تو گفته است؟ راوی میگوید: گفتم: این، چیزی بود که بر قلبم گذشت؛ لذا از شما پرسیدم. گفت: هرگز! فردی همانند تو محال است بر چنین چیزی دست پیدا کند و به این مرتبه از این سخن برسد! حال به من بگو که این سخن را از کجا آوردی؟ گفتم: این، دستوری بود که ابومحمّد ـ عسکری (ع) ـ به من یاد داده است. گفت: درست گفتی، چرا که چنین سخنانی تنها از همان خاندان صادر میشود. سپس آتشی درخواست کرده و هر آنچه را که نوشته بود، در آتش سوزاند.