آقا معتقد بودند که مجاهدین خلق از کمونیستها هم بدترند و هیچ چیز را قبول ندارند کمونیست میگوید من خدا را قبول ندارم ولی اینها در لوای اسلام و خدا و پیغمبر (ص) ضربه میزنند
دیدگاههای شهید دستغیب در رابطه با مجاهدین خلق بسیار تندتر از سایر روحانین بود. برخی از روحانیون به دلیل آنکه ماهیت و چهره واقعی مجاهدین خلق چندان روشن نبود با آنها برخورد مسالمتآمیز را در پیش گرفتند؛ اما شهید دستغیب مخالف چنین دیدگاهی بود.
«اصغر صحرایی اطلاعات بیشتری از اقدامات منافقین در شیراز بعد از شروع مبارزه مسلحانه آنها با نظام مطرح میکند: آنها دیگر زیرزمینی شدند و به دفتر و نزد آقا نمیآمدند. بعد از شهادت شهید مدنی آقا بسیار منقلب و ناراحت شدند. در خطبهها به اینها نصیحت میکردند و در عین حال از مردم میخواستند که در مقابل آنها مقاومت کنند و هوشیار باشند. منافقین در مقابل بیمارستان نمازی دانشکده مهندسی یک اتوبوس را آتش زدند و سه نفر جزغاله شدند. آقا خیلی ناراحت شدند و از آن به بعد آنها را به کلی طرد کردند. آقا معتقد بودند که مجاهدین خلق از کمونیستها هم بدترند و هیچ چیز را قبول ندارند کمونیست میگوید من خدا را قبول ندارم ولی اینها در لوای اسلام و خدا و پیغمبر (ص) ضربه میزنند و زن و بچه شیرخوار را ترور میکنند که نمونههای زیادی را شاهد بودیم حتی سه چهار بار در خانه ما نارنجک انداختند در خیابان قصد ترور مرا داشتند که خدا نخواست.»
منبع: حمید سفیدگر شهانقی و محمد چغتایی اراکی، زندگی و مبارزات آیتالله شهید سیدعبدالحسین دستغیب به روایت اسناد و خاطرات، تهران، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، 1392، ص 98