ششم تیر ۱۳۶۰، انفجاری در مسجد ابوذر تهران جان امام‌جمعه محبوب پایتخت، آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای را هدف گرفت. ساعاتی بعد، جمعیت بزرگی از مردم در برابر بیمارستان گرد آمدند؛ دست‌ها به دعا و چشم‌ها اشک‌آلود، تا برای نجات جان او دعا کنند. این سوءقصد که در فضای پرتنش آن روزهای کشور رخ داد، نه‌تنها موجی از خشم و انزجار عمومی را برانگیخت، بلکه به نقطه عطفی در تشدید برخوردها با گروه‌های مسلح مخالف تبدیل شد.

انفجار ششم تیر در مسجد ابوذر تهران، که به مجروح شدن آیت‌الله خامنه‌ای انجامید، در همان روزها به عنوان یکی از نشانه‌های آغاز علنی فاز نظامی سازمان مجاهدین خلق تلقی شد. به گفته معاون وقت دادستان انقلاب در خاطرات خود، «جواد قدیری» از طراحان اصلی این عملیات بوده است. نام کامل او محمدجواد قدیری مدرس بود؛ از اعضای قدیمی سازمان که در کمیته انقلاب مستقر در اداره دوم ستاد ارتش نفوذ داشت. او پس از سوءقصد نافرجام به آیت‌الله خامنه‌ای متواری شد و از کشور گریخت و چند سال بعد، در سال ۱۳۶۴، نامش در فهرست شورای مرکزی سازمان به عنوان «عضو مرکزیت» ثبت شد.
انفجار ششم تیر پیامدهای فوری و گسترده‌ای در فضای سیاسی و اجتماعی کشور به همراه داشت. خشم و نفرت عمومی نسبت به این اقدام، انتظار مردم از دولت برای برخورد قاطع با عاملان آن را افزایش داد. در پی این فضا، نهادهای قضایی، کمیته‌ها و سپاه پاسداران برخوردی سخت و بی‌تردید با شبکه‌های مرتبط با اقدامات مسلحانه آغاز کردند؛ اقدامی که به گفته برخی روایت‌ها، ضربه‌ای جدی به سازمان وارد کرد.
درگیری‌های پراکنده مسلحانه و بمب‌گذاری‌ها از فردای سی خرداد همان سال آغاز شده بود. دوم تیرماه، بمبی در سالن راه‌آهن قم در لحظه پیاده و سوار شدن مسافران منفجر شد که هفت کشته و بیش از پنجاه زخمی برجای گذاشت. یک روز بعد نیز بمبی قوی در نزدیکی یک هنرستان دخترانه در تهران کشف و خنثی شد.
در چنین فضایی، روز جمعه پنجم تیر انتخابات میان‌دوره‌ای مجلس شورای اسلامی در ۱۹ شهر برگزار شد. حضور گسترده مردم در نمازهای جمعه آن روز با شعارها و تظاهراتی در مخالفت با بنی‌صدر و سازمان مجاهدین خلق همراه بود. آیت‌الله خامنه‌ای در خطبه‌های نماز جمعه همان روز، با اشاره به عملکرد سران سازمان گفت:
«من سوابق و ضعف‌های آنها را می‌دانم و خود آنها هم می‌دانند که ما به خوبی آنها را می‌شناسیم. شما خودتان را در تاریخ رسوا کردید و حرف‌های قبلی خود را تخطئه نمودید… شما مقابله خود را با دولت و حکومت اسلامی مقابله با ارتجاع می‌نامید؛ اما در منطق اسلام، ارتجاع یعنی ارتداد و این شما هستید که مرتجعید.»
او در ادامه، جوانان و نوجوانان هوادار سازمان را به تأمل در واقعیت‌ها فراخواند و آنان را از پیروی از سران سازمان برحذر داشت.
سال‌ها بعد، سودابه سدیف ـ از مشاوران بنی‌صدر ـ پس از دستگیری اعتراف کرد که پس از عزل بنی‌صدر و مخفی شدن او، پیامی از سوی وی برای مسعود رجوی ارسال شده بود مبنی بر اینکه «باید شروع به زدن رأس‌های حاکمیت کرد و چاره دیگری نیست». همچنین حسین نواب صفوی، از رابط‌های اصلی بنی‌صدر و سازمان، پس از بازداشت اظهار داشت که در بحث‌های مطرح‌شده این احتمال نیز مطرح بود که اگر بسیج عمومی مردم ممکن نشود، باید سران حکومت را از میان برداشت.
در آن زمان، بسیاری از پیام‌ها و بیانیه‌های شخصیت‌های سیاسی و مذهبی ـ از جمله آیت‌الله بهشتی، محمدعلی رجایی و دیگر مسئولان ـ این سوءقصد را محکوم کردند و تلویحاً یا صراحتاً سازمان مجاهدین خلق را مسئول آن دانستند.
با این حال، سازمان به طور رسمی مسئولیت سوءقصد را نپذیرفت. حتی بر روی بدنه ضبط‌صوتی که به عنوان بمب استفاده شده بود، با ماژیک نوشته شده بود: «هدیه گروه فرقان». جزوه‌ای نیز با امضای همین گروه منتشر شد. این در حالی بود که مؤسسان و اعضای اصلی گروه فرقان در سال‌های ۱۳۵۸ و ۱۳۵۹ دستگیر شده بودند و در سال ۱۳۶۰ تشکیلات فعالی از این گروه در داخل کشور وجود نداشت که بتواند چنین عملیاتی انجام دهد.
برخی نشانه‌ها نیز حاکی از آن بود که سازمان با انتشار اطلاعیه‌ای جعلی به نام فرقان تلاش کرده است هم مسئولیت عملیات را از خود دور کند و هم افکار عمومی و نهادهای امنیتی را منحرف سازد. در همان زمان، بیشتر گزارش‌های مطبوعاتی و واکنش‌های سیاسی و اجتماعی، بدون تردید سازمان مجاهدین خلق را عامل انفجار مسجد ابوذر معرفی می‌کردند.
سال‌ها بعد نیز در بیانیه‌ای از سوی وزارت خارجه آمریکا، مجروح شدن آیت‌الله خامنه‌ای در زمره اقدامات تروریستی منتسب به این سازمان ذکر شد. با وجود این، سازمان همچنان این نسبت را رد کرده و مدعی شده است که سوءقصد پیش از آغاز فاز مسلحانه آن‌ها و توسط گروه فرقان انجام شده است.
با این حال، بسیاری از روایت‌ها و اسناد تاریخی نشان می‌دهند که انفجار ششم تیر ۱۳۶۰ نه‌تنها یکی از مهم‌ترین سوءقصدهای آن سال‌ها بود، بلکه به عنوان نقطه‌ای تعیین‌کننده در تشدید موج ترورها و درگیری‌های مسلحانه در اوایل دهه شصت در تاریخ سیاسی ایران ثبت شد.