پس از تشکیل دولت واحد ایران به دست آغا محمدخان قاجار، ضرورت برقراری روابط سیاسی با دیگر کشورها، اندیشه ایجاد نهادی رسمی برای سامان‌دهی امور خارجی را پدید آورد.

وزارت امور خارجه را می‌توان قدیمی‌ترین وزارتخانه تأسیس‌شده در ایران دانست؛ نهادی که شکل‌گیری آن به حدود دو قرن پیش و آغاز دوره قاجار بازمی‌گردد.
پس از تشکیل دولت واحد ایران به دست آغا محمدخان قاجار، ضرورت برقراری و سامان‌دهی روابط سیاسی با سایر کشورها، زمینه تأسیس سازمانی مستقل برای رسیدگی به امور خارجی را فراهم کرد. با تثبیت ساختار حکومت مرکزی، نیاز به تعامل رسمی با دولت‌های خارجی بیش از پیش احساس می‌شد.
در اوایل سلطنت فتحعلی‌شاه قاجار، هم‌زمان با توسعه نسبی روابط خارجی و حضور سفیران و نمایندگان سیاسی در دربار ایران، مرجعی مشخص برای رسیدگی به امور مأموران خارجی تعیین شد. در این مقطع، رضاقلی‌خان منشی‌الممالک که اداره امور داخلی را نیز بر عهده داشت، مسئولیت رسیدگی به امور خارجی را عهده‌دار شد و نزدیک به دوازده سال این وظیفه را انجام داد.
در سال ۱۲۳۶ هجری قمری، میرزا عبدالوهاب اصفهانی معروف به معتمدالدوله نشاط به این سمت منصوب شد. با انتصاب وی، روند سامان‌دهی تشکیلات وزارت امور خارجه شکل منسجم‌تری به خود گرفت.
در ادامه، مؤتمن‌الملک که نزدیک به بیست‌وپنج سال سابقه فعالیت در این وزارتخانه داشت، با اتکا به تجربیات اداری خود، نخستین نظام‌نامه رسمی وزارت امور خارجه را تدوین کرد. این نظام‌نامه در سال ۱۲۹۹ هجری قمری به تأیید شاه رسید و از سال ۱۳۰۰ هجری قمری مبنای سازمان‌دهی رسمی وزارتخانه قرار گرفت.



بر اساس این نظام‌نامه، ساختار وزارت امور خارجه شامل موارد زیر بود:
وزیر امور خارجه

• رئیس کل وزارت امور خارجه (در حکم قائم‌مقام و معاون وزیر)این سمت برای سال‌های طولانی در اختیار میرزا محمدخان صدیق‌الملک نوری، پدر حاج محتشم‌السلطنه اسفندیاری، قرار داشت.
  نایبان وزارتافرادی که ضمن انتظار برای تصدی مناصب رسمی، در مقام مشاور به وزیر یاری می‌رساندند.