آقا خان مقام امامت و رهبرى فرقه‌ى اسماعیلیه را از پدر به ارث برد و روزبه‌روز بر مریدانش افزوده مى‌شد. وى در اواخر سال 1253 هجرى در بم قیام کرد و چون محمد شاه او را به پایتخت احضار نمود،وى در قلعه‌ى بم متحصن شد و بعد از اندکى مقاومت تسلیم گردید و به شفاعت فرمانفرما والى فارس و حاجى میرزا آغاسى صدراعظم مورد عفو قرار گرفت.