زندگی و مرگ میرزایعقوب، روایتگر تضاد عمیق میان عقیده ظاهری و باور باطنی است. او که اسلام را تنها به مثابه ابزاری برای نفوذ اجتماعی در راه رفرم‌های فکری‌اش می‌دید، در لحظه مرگ، با وصیت برای دفن شدن در گورستان آباء و اجدادی، رسماً بر این ریاکاری روشنفکرانه مهر تأیید زد؛ داستانی که با نبش قبر و کشمکش بر سر جسد او به اوج تراژیک خود می‌رسد.

  میرزایعقوب با نگرش نسبی به ادیان و گرایش به فراماسونری، تشرف به اسلام را نه از سر ایمان، بلکه به عنوان ابزاری اجتماعی و فکری برای پیشبرد طرح رنسانس اسلامی و نفوذ در جامعه برگزید :
«نکته قابل تأمل در نظرگاه میرزایعقوب نسبت به فراماسونری بوده است. یعنی همان تصور مبهمی که ایرانیان ابتدای قرن سیزدهم نسبت به این نهاد غربی داشته‌اند و آن را تقریباً مروج دین انسانیت (آدمیت: اومانیسم) و ناسخ همه ادیان می‌دانسته‌اند. اما اینکه چرا میرزا یعقوب مسیحیت را ترک گفته به اسلام تشرف یافته با وجود اینکه او به نظرگاهی نسبی در باره مسیحیت و اسلام و همه ادیان دست یافته بود، صرف‌نظر از موقعیت شغلی، از نظر باطنی محتملاً این نظر نسبی و تطبیقی او را واداشته تا دو راه انجام اغراض خود را در باب «رنسانس و رفرمیسم اسلامی» از تغییر مذهب بهره گیرد. او که معتقد بود اسلام با ذکر یک قانونگذار عاقل بنیان نهاده شده بیشتر بر ساحت سودمندانه و اجتماعی آن در زندگی سیاسی و اجتماعی افراد تأکید می‌کرد و چندان اعتقادی به ساحت ایمانی آن نداشته است. بدین‌سان هیچ ممنوعیتی برای تغییر دین او وجود نداشته است. آنچه برای یک فراماسون منورالفکر مهم است همان نفوذ اجتماعی دین است و چنین است که میرزایعقوب خود را تا حدی همرنگ جماعت اسلام و حتی جانبدار بعضی از جنبه‌های اسلام نشان می‌داد، بی‌آنکه هرگونه اعتقاد روحی و باطنی به آن داشته باشد. به همین دلیل نیز در پایان عمر به عقاید آباء و اجدادی خود بازگشت و وصیت کرد در گورستان ارامنه استانبول دفن شود، و چنین نیز شد تا آنکه ملکم که حفظ ظاهری شعایر اسلامی هنوز برایش اهمیت داشت نبش قبر نموده، جسد پدر را از آن قبرستان..»


منبع:   محمد مددپور، سیر تفکر معاصر؛ تجدد و دین‌زدایی در اندیشه میرزا ملکم خان ناظم‌الدوله و میرزا عبدالرحیم طالبوف، تهران، انتشارات تربیت، ج۳، ۱۳۷۰، ص ۲۵