او در سال 1650 در سوئد درگذشت و در استکهلم به خاک سپرده شد، اما این پایان ماجرا نبود.سفیر فرانسه به نام "Hugues" در استکهلم، شبانه جنازه را از قبر بیرون آورده و مخفیانه به فرانسه انتقال داد.در طول 350 سال گذشته استخوان های دکارت همچون انگشتان، جمجمه و ... یکی یکی به فروش رسید.