یکی از مهمترین تلاش‌های علامه مجلسی در طول عمرشان، از بین بردن نحله‌ها و فرقه‌های منحرف از دین، امر به معروف و نهی از منکر، اقامه نماز جمعه و مبارزه با جریانات افراطی تصوف بود.