قیام 15 خرداد و سرکوب مردم و روحانیون، ماجرایی بود که با همکاری شاه و علم صورت گرفت. علم در این حادثه و در تمام جریانات اعتراضی که بعدها در زمان نخست‌وزیری او رخ داد، نقش مهمی را ایفا نمود. در مقابل شاه نیز همواره حامی او در تمام جریانات بود.