بعد از طرح برنامه اصلاحات ارضی، امام اولین کسی بود که به مخالفت با آن برنامه پرداخت. اعتراضات امام ریشه در مسائل مختلفی داشت، با این حال فارغ از خود برنامه، اصلی‌ترین دلیل مخالفت ایشان، با مسائل کلان سیاسی بود. موضوعی که آیت‌الله مهدوی کنی به خوبی در خاطرات خود به آن اشاره کرده است.