آیت الله خامنه اى به گفته خویش «از شاگردان فقهى، اصولى، سیاسى و انقلابى امام خمینى (ره) هستند» امـّا نخستین جرقـّه هاى سیاسى و مبارزاتى و دشمنى با طاغوت را مجاهد بزرگ و شهید راه اسلام شهید «سید مجتبى نوّاب صفوى» در ذهن ایشان زده است.

«عامل و موجب اصلى در انتخاب این راه نورانى روحانیت پدرم بودند و مادرم نیز علاقه مند و مشوّق بودند».
آیت الله خامنه اى که از هیجده سالگى در مشهد درس خارج فقه و اصول را نزد مرجع بزرگ مرحوم آیت الله العظمى میلانى شروع کرده بودند. در سال 1336 به قصد زیارت عتبات عالیات، عازم نجف اشرف شدند و با مشاهده و شرکت در درسهاى خارج مجتهدان بزرگ حوزه نجف از جمله مرحوم سید محسن حکیم، سید محمود شاهرودى، میرزا باقر زنجانى، سید یحیى یزدى، و میرزا حسن بجنوردى، اوضاع درس و تدریس و تحقیق آن حوزه علمیه را پسندیدند و ایشان را از قصد خود آگاه ساختند. ولى پدر موافقت نکرد. پس از مدّتى ایشان به مشهد باز گشتند.
در بهمن 1342 - رمضان 1383- آیت الله خامنه اى با عدّه اى از دوستانشان براساس برنامه حساب شده اى به مقصد کرمان حرکت کردند. پس از دو ـ سه روز توقف در کرمان و سخنرانى و منبر و دیدار با علما و طلـّاب آن شهر، عازم زاهدان شدند. سخنرانى ها و افشاگرى هاى پرشور ایشان بویژه درایـّام ششم بهمن ـ سالگرد انتخابات و رفراندوم قلـّابى شاه ـ مورد استقبال مردم قرار گرفت. در روزپانزدهم رمضان که مصادف با میلاد امام حسن (ع) بود، صراحت و شجاعت و شور انقلابى ایشان در افشاگرى سیاستهاى شیطانى و آمریکایى رژیم پهلوى، به اوج رسید و ساواک شبانه ایشان را دستگیر و با هواپیما روانه تهران کرد. رهبر بزرگوار، حدود دو ماه ـ به صورت انفرادى ـ در زندان قزل قلعه زندانى شدند و انواع اهانت ها و شکنجه ها را تحمّل کردند.